ATOK2013自体は、Mavericksで使えるので問題はない。
しかし、デフォでは、「ことえり」だけしか登録されていない 。

「システム環境設定」の「言語と地域」の「優先する言語:」は日本語に設定。
さらに下の「”キーボード”詳細設定...」から。
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タブの「入力ソース」を開いて、「+」で追加していく。シフトキーで両端をクリックするか、コマンドキーを押しながらクリックで選択できる。あとは、「ことえり」を「ー」で消して、ATOKだけにする。